奉祀神明
泰山府君大神（太一・泰一）
本宮主祭神為泰山府君大神。自古以來，亦以太一、泰一之名受到尊崇，是居於八百萬神明之始的大神。
「太一」是表示包括天地諸神在內、萬物根源的尊貴神名。在神道中，陰陽、五行、日月星辰以及四時運行皆從太一而生，因此被視為根本之理。日本神社寺院所傳的厄年，也被認為由太一的運行而定，古稱「太一定分之厄年」。
在天，太一顯現為居於天之中心的北極星，以及圍繞其運行的北斗七星。北極星作為天之樞紐確定萬象之軸，北斗七星轉動斗柄、宣告四時。二者共同作用，被尊為太一在天上的御姿。
在地，與天相通的泰山之神泰山府君大神，正是太一自身。泰山在中國自古被尊為最高靈山、守護東方之山，也是亡者魂魄歸集之山，受到深厚信仰。
古時只有承受天命的帝王，才獲准在泰山頂築壇祭天，並在山麓小山祭地，此禮稱「封禪」。《史記》記載，自神代以來有七十二家君主在此祭天，其中亦見黃帝、堯、舜之名。史實中，秦始皇、漢武帝等歷代天子均曾舉行此大禮。唐玄宗也於開元十三年（725）在泰山封禪，並將「天齊王」——與天同齊之王——的尊號奉予泰山之神。由此可見，人們對通天之山及其神明的崇敬何等深厚。
根據本宮所傳沿革，泰山府君大神——又稱大元尊神——的御神體，在一千三百餘年前，以遣唐使阿倍仲麻呂公相關靈驗為契機，經吉備真備公傳至賀茂家、安倍家，後來由土御門家奉祀。
直至明治維新，土御門家一直作為陰陽道宗家、司天家侍奉朝廷，奉祀泰山府君大神，舉行祈願歷代天皇治世安泰與國家安寧的祭祀。同時，將太一神氣配置於曆法、把天之運行傳達人間，也是世代重要職責。
這一祭祀與曆法傳統，今日仍在本宮延續。
天社十二神（天神七代）
天地尚未分開之時，唯有一股神氣。神道將這萬物根源的神氣尊稱為太一。在伊勢神宮式年遷宮時，這一神名亦會大書於旗上。
《日本書紀》所記天地開闢之際，天地分離，諸神顯現於高天原。太一神氣首先分為陰與陽，繼而從陰陽生出木、火、土、金、水五行，世界因其作用逐漸成形。
發意編修《日本書紀》的是天武天皇。天皇親習天文遁甲，建占星臺、設陰陽寮，是深通陰陽之道的帝王。因此，《書紀》開篇從天地未分、陰陽未判的混沌講起，並非無因。以陰陽五行之理敬觀日本諸神，是根植於《日本書紀》本身的理解方式。
《日本書紀》將從最初顯現的國常立尊，直至伊弉諾尊、伊弉冉尊的七代神明稱作「天神七代」。另一傳文亦記載，高天原誕生了天御中主神、高皇產靈尊、神皇產靈尊三神。
天御中主神與國常立尊，是同一御神的兩個神名，亦即太一、大元尊神。本宮將這兩位神與高皇產靈尊、神皇產靈尊一同尊為第一代，並將第一代至第六代的十二柱神明奉稱為「天社十二神」。
第一代
- 天御中主神——太一・大元尊神
- 國常立尊——太一・大元尊神
- 高皇產靈尊——元氣火陽神
- 神皇產靈尊——元氣水陰神
第二代
- 國狹槌尊——元氣水德神
第三代
- 豐斟渟尊——元氣火德神
第四代
- 埿土煮尊・沙土煮尊——元氣木德神
第五代
- 大戶之道尊・大苫邊尊——元氣金德神
第六代
- 面足尊・惶根尊——元氣土德神
第七代
- 伊弉諾尊——陽神・陰陽五行成就神
- 伊弉冉尊——陰神・陰陽五行成就神
第七代伊弉諾尊、伊弉冉尊二神成就陰陽五行之御業，生國、生神。其後天照大御神誕生，並統治高天原。
水德、火德之神作為獨神誕生，木德、金德、土德之神則作為陰陽一對而生，正是《日本書紀》所傳「獨化」「偶生」諸神的形態。
五行作用的一端，也可見於古傳：舊曆十月——配屬水氣的亥月——八百萬神明匯聚出雲舉行神議。水收藏萬物，並在其中孕育下一次生起之氣。
日本諸神的作用並不脫離木、火、土、金、水五行的運行。諸神把周流天地的神氣顯現為各自神德，鎮定世間、締結緣分、運轉時序，使萬物獲得生命並受養育。
天社十二神作為太一神氣之顯現，把太一之心傳於世間，鎮定世道並維持天地和諧。
鎮宅靈符尊神
鎮宅靈符尊神，正式稱「太上鎮宅靈符尊神」，居於太一顯現之天心北極星，藉北斗七星的運行掌管九星，是北辰大神。在陰陽道中，被尊為僅次於泰山府君大神的尊貴神明。
相傳其御姿立於玄武之上。在天作為北辰仙神掌管天意，在地則如「鎮宅靈符」之名，以靈符鎮護家宅，守護人們免受災厄。
其沿革可追溯至遙遠上古。土御門家文書記載，本宮所奉祀御神體自推古天皇在位、亦即聖德太子時代起便不斷受到祭祀。
此大神也掌管占術。本宮運勢曆以其御姿作為封面，因此至今仍受到眾多從事卜占者的深厚崇敬。
安倍晴明大神
安倍晴明公承繼第八代孝元天皇血脈，作為陰陽道集大成者名留後世。自幼顯現天賦之才，窮究太一陰陽五行之理，使天地陰陽之道臻於大成。
尤其重要的是，晴明公與安倍家先祖遣唐使阿倍仲麻呂公所傳泰山府君大神——亦即太一——結下神緣，這在本宮沿革中具有極為重要的意義。
晴明公所窮究的陰陽之道與曆法之道，至今仍活在人們日常之中：一週日月火水木金土七曜，以及正月、節分、端午、七夕等年中行事，皆可見其傳承。
本宮將晴明公神靈尊奉為安倍晴明大神，並虔誠祭祀。
若狹樟葉媛稻荷
這是奉祀晴明公之母姬君的稻荷神。
自古相傳，安倍晴明公之母是和泉國信太森林中的白狐。真實身分被知曉後，母親留下年幼晴明公返回森林，並在離別時留下一首和歌：
恋しくば 尋ね来て見よ 和泉なる
信太の森の うらみ葛の葉若思念我，請來和泉尋訪，
到信太森林，看看葛葉背後的身影。
「うらみ」既可聯想到「恨」——不得不離去的悲嘆，也可解作「看背面」——請來看我隱藏的真實姿態。這首歌傳達了即使成為神靈仍思念孩子的母親之心。相傳晴明公從這位在故事中被稱為「葛葉」的母親處繼承了非人的靈性，後來此歌亦被尊為神詠。
白狐是稻荷大神的眷屬。基於這一神緣，稻荷信仰總本宮伏見稻荷大社的曆書由本宮奉製。
因其與人結緣並生育孩子，賜予子寶與夫妻和合；又憑晴明公所繼承的白狐靈性，賜予並增強靈力。
晴明公後裔土御門家世代奉祀這位御母。
阿倍仲麻呂公
仲麻呂公是以大彥命為祖的阿倍氏中務大輔阿倍船守之子。養老元年（717），未滿二十歲便被選為遣唐使留學生，渡海前往唐朝。同一船團中亦有吉備真備公。《續日本紀》記載，一行人在啟程前曾於春日御蓋山山麓祈願航海平安。
在唐朝，仲麻呂公使用「朝衡」之名，相傳通過科舉，侍奉玄宗皇帝，並升任祕書監、安南都護等顯官。《舊唐書》記其仰慕中國風俗、留而不去，詩人王維、李白皆為其友。仲麻呂公所侍奉的玄宗皇帝，也正是曾在泰山舉行封禪的帝王。
根據本宮沿革，仲麻呂公在唐土從靈山泰山獲賜天之最高神大元尊神——太一——的御神體，並肩負將其傳給皇室與安倍家的重任，遂將一切託付給吉備真備公。
天平勝寶五年（753），仲麻呂公終於登上歸國船。據傳，他在明州海邊送別宴上吟詠了這首和歌：
天の原 ふりさけ見れば 春日なる
三笠の山に 出でし月かも仰望浩瀚天原，
此月可是當年升起於
春日三笠山上的同一輪明月。
這首歌作為《百人一首》第七首廣為人知。歌中的三笠山，正是三十六年前一行人在啟程之日祈願平安的春日之山。
然而歸船遭遇暴風，漂至安南。同一船團中只有第二船抵達日本，船上正是鑑真和尚。聽聞遇難消息後，李白留下「明月不歸沉碧海」之句悼念友人。仲麻呂公幸存並返回長安，卻再也沒有歸國機會，於寶龜元年（770）逝世於長安，在唐五十三年。
後世人們相傳，仲麻呂公即使化為鬼神，仍在唐土幫助真備公。
仲麻呂公本人沒有歸來，但他所託付之物回到了日本。御神體由真備公攜渡大海，受賀茂家守護，繼而傳至安倍保名公、晴明公的安倍家——後來的土御門家。一千三百年後的今天，御神體仍鎮於若狹名田庄本宮。
本宮將憑藉學問在異國侍奉帝王的仲麻呂公奉為學業之神。對於行於求學之道者、挑戰考試與試煉者，賜予力量。
仲麻呂公啟程時曾在三笠山祈禱，並在思鄉歌中吟詠這座山。位於山麓的春日大社，其曆書同樣由本宮奉製。這正是跨越千年以上的神緣。